*补充说明:输入文件,gjf内容的zui末尾务必保证存在空行,否则在计算过程中会报错,在Linux服务器中进行模拟,通过SSH远程连接服务器(图中使用Xshell和Xftp软件),Xftp用于在本地电脑和服务器间传输文件,在服务器端选择合适的路径建立文件夹并重命名为“H2O_opt”后进入该文件夹,将本地电脑端的H2O,随后“ctrl+c”切出,并用“exit”命令即可关闭SSH远程连接而不导致计算任务中断。
本文将以一些简单的例子来介绍基于Gaussian软件进行模拟的操作流程,并对其中涉及到的输入、输出文件内容的关键信息进行介绍,软件安装,利用Gaussian软件进行量化模拟,一般会需要安装3个软件,即:Gaussian09,GaussView和Multiwfn三个软件,若是打算利用服务器或超算中心(Linux系统)进行计算,建议在自己的本地电脑上安装GaussView和Multiwfn,在服务器上安装Gaussian主程序即可。
输入文件:文件后缀名通常为,gjf,包含模拟任务的计算资源分配(核数、内存使用情况)、计算方法和精度、任务要求及计算模型等信息,输出文件:文件后缀名通常为,out或,log,除输出作为计算结果的结构模型、轨道、密度矩阵、电荷布局等信息外,还包括了部分计算过程中输出信息,对于大多数含有过渡金属的结构、自由基结构、激发态,如二茂铁、基态氧分子、羟基自由基等,均为开壳层体系,自旋多重度大于1,需做进一步判断。