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“%chk=”命令用于指定计算输出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路径（，/在Linux系统中代表当前文件夹，当然也可以写上完整路径），该路径需实际存在，否则在后续计算过程中会报错，事实上这一部分内容可以根据实际需要写的更为详细，例如：，接下来在Xshell端输入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回车，进入该文件夹，随后输入“g09

除上述软件外，建议在本地电脑安装一个专用的文本编辑器用于查阅和编辑输入和输出文件，推荐Notepad++，3，Gaussian软件涉及的文件类型，Gaussian主要涉及的文件包括输入文件、输出文件、检查点文件、读写文件等，初学者至少应对前三者有一定了解，Gaussian的关键词较多，除opt外用的较多的包括irc（反应路径）、freq（振动分析）、scan（势能面扫描）、scrf（使用隐式溶剂）等。

输入文件：文件后缀名通常为，gjf，包含模拟任务的计算资源分配（核数、内存使用情况）、计算方法和精度、任务要求及计算模型等信息，输出文件：文件后缀名通常为，out或，log，除输出作为计算结果的结构模型、轨道、密度矩阵、电荷布局等信息外，还包括了部分计算过程中输出信息，对于大多数含有过渡金属的结构、自由基结构、激发态，如二茂铁、基态氧分子、羟基自由基等，均为开壳层体系，自旋多重度大于1，需做进一步判断。