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2切片厚度50～100nm为宜：太薄反差低；太厚反差好，但结构重叠，电子束不能穿透；，3切片应耐电子束的强烈照射，不变形不升华；，4切片能够适当被染色，保证一定的反差；，5切片均匀，无影响拍照的皱褶、刀痕或染色污染，其中，DigitalMicrograph不仅能够自动识别Gatan公司电镜拍摄的dm3、dm4、Tif文件中的标尺、放大倍数、仪器型号等信息，还能够对图片中进行上伪色突出对比度、选区傅里叶变换、划线取向灰度分析等。
锇酸是强氧化剂，固定脂类、膜结构，有电子染色作用，3脱水，用适当的有机溶剂取代组织和细胞中的游离态水分，使之能与包埋剂混合，脱水要彻底，更换液体动作要迅速，脱水时间不宜过长，且固定后的样品要充分漂洗，4渗透、包埋与聚合，4，1渗透，2包埋与聚合，加温在60℃聚合形成固体基质，牢固地支撑整个细胞结构或组织，制成适于机械切割的固体树脂包埋块，利于切片，常用玻璃刀、钻石刀进行超薄切片，刀上要装水槽，并注入槽液。
染色方法有单染，包括铅盐单染和铀盐单染；双染色，醋酸铀染色和柠檬酸铅染色，双染色呈现结果更全面，我们一般采用的双染法进行染色，常用染色剂：醋酸铀，有微弱的放射性，主要染核酸、核蛋白、细胞核、结缔组织，柠檬酸铅，主要染膜结构、脂类、糖原等，易与CO2反应成沉淀，染色中应采取措施避免，电镜照片主要解析粒径分布、单晶/多晶、晶面结构、元素和原子分散，其本质是信号的空间分布，基本机理与比例尺地图是一致的。