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在透射电镜中，用电子束代替平行入射光束，用薄膜状的样品代替周期性结构物体，就可重复以上衍射成像过程，（2）对于透射电镜，改变中间镜的电流，使中间镜的物平面从一次像平面移向物镜的后焦面，可得到衍射谱，固定的目的主要是终止组织细胞的生化过程，同时把它们的超微结构改变控制在zui小范围内，并保护这些结构在后续的脱水、包埋等过程中不被破坏；常用双固定法，用一定浓度的戊二醛对样品预固定，漂洗后使用锇酸对样品进行后固定。
2切片厚度50～100nm为宜：太薄反差低；太厚反差好，但结构重叠，电子束不能穿透；，3切片应耐电子束的强烈照射，不变形不升华；，4切片能够适当被染色，保证一定的反差；，5切片均匀，无影响拍照的皱褶、刀痕或染色污染，其中，DigitalMicrograph不仅能够自动识别Gatan公司电镜拍摄的dm3、dm4、Tif文件中的标尺、放大倍数、仪器型号等信息，还能够对图片中进行上伪色突出对比度、选区傅里叶变换、划线取向灰度分析等。
染色方法有单染，包括铅盐单染和铀盐单染；双染色，醋酸铀染色和柠檬酸铅染色，双染色呈现结果更全面，我们一般采用的双染法进行染色，常用染色剂：醋酸铀，有微弱的放射性，主要染核酸、核蛋白、细胞核、结缔组织，柠檬酸铅，主要染膜结构、脂类、糖原等，易与CO2反应成沉淀，染色中应采取措施避免，电镜照片主要解析粒径分布、单晶/多晶、晶面结构、元素和原子分散，其本质是信号的空间分布，基本机理与比例尺地图是一致的。