较初发酵的中层粪液通过粪管流向第二格，第二格经发酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格经沉淀、过滤后流向下水道。正是这种分割发酵的原理使得清理化粪池变得危险。池内沼气易燃易爆，操作前应充分散发，周围不得有明火。吸粪时避免弄脏工作场地和路人的衣服。盖子打开后，要有人看管，盖子要清理干净，防止行人掉入。正式清理化粪池。勾开化粪池盖板15分钟，将吸粪车开到作业现场，将吸粪管放入化粪池内，然后用铲子搅拌化粪池内的粪便结块层，边搅拌边排水，启动吸粪车开关，将粪便吸出，直至将化粪池内的硬块吸走，盖好化粪池盖板，用清水冲洗作业现场。但是也不排除一些特殊的困难情况，需要人工清理，所以清理化粪池的每一个工作者都是非常困难和伟大的。

化粪池清理通过旋转将具有弯曲弹性的钢丝转到堵塞的下水管中，带出堵塞物的布条和毛发。还有一种工具叫一枪，是一种气动疏通工具，利用高压的原理来冲洗堵塞的下水管道。在清理化粪池的过程中，由于各种不确定因素的干扰，有时会出现一些意想不到的情况；为了避免这些问题，工作人员有必要提前做好预防措施，工作时要灵活机动，才能顺利完成化粪池清理工作。清理化粪池需要注意的问题如下:用铁钩打开化粪池盖板，然后用长竹竿(8m)将化粪池内的杂物结块层搅起。

在分解粪便的过程中，有一定的除臭作用。大大减少了劳动力，节约了成本，是一种天然环保的高科技方法。化粪池处理的时候肯定是要有工作人员来清的，很危险，处理起来也不容易。即使现在有大规模的治疗机，但还是有一些弊端。比如有的化粪池安装在狭窄的过道里，机械设备根本进不去，用不了。专业人士认为，与其使用传统的清洁技术，不如尝试现代高科技技术。生物肥剂可以分解粪便，液化有机物，有一定的除异味作用。使用效果很好，可以帮助用户彻底解决清理化粪池的问题。如果有高科技的技术，解决问题更简单方便，那么就可以替代传统的清洁方式。