任务的计算方法和内容部分,“#”指以正常形式输出计算结果,若希望以更为详细的形式输出结果,可写作“#P”,若希望以精简形式输出,可写作“#T”,“b3lyp”决定本次模拟采用DFT方法并选用b3lyp泛函进行计算,泛函应根据实际需要进行选择,此处给出的较为通用且精度尚可的杂化泛函,例如Summary中包含了当前帧的基本信息(电子自旋、能量等),Optimization可显示优化过程中体系的能量和平均受力(RMS)变化情况。
本文将以一些简单的例子来介绍基于Gaussian软件进行模拟的操作流程,并对其中涉及到的输入、输出文件内容的关键信息进行介绍,软件安装,利用Gaussian软件进行量化模拟,一般会需要安装3个软件,即:Gaussian09,GaussView和Multiwfn三个软件,若是打算利用服务器或超算中心(Linux系统)进行计算,建议在自己的本地电脑上安装GaussView和Multiwfn,在服务器上安装Gaussian主程序即可。
输入文件:文件后缀名通常为,gjf,包含模拟任务的计算资源分配(核数、内存使用情况)、计算方法和精度、任务要求及计算模型等信息,输出文件:文件后缀名通常为,out或,log,除输出作为计算结果的结构模型、轨道、密度矩阵、电荷布局等信息外,还包括了部分计算过程中输出信息,对于大多数含有过渡金属的结构、自由基结构、激发态,如二茂铁、基态氧分子、羟基自由基等,均为开壳层体系,自旋多重度大于1,需做进一步判断。