“%chk=”命令用于指定计算输出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路径（，/在Linux系统中代表当前文件夹，当然也可以写上完整路径），该路径需实际存在，否则在后续计算过程中会报错，事实上这一部分内容可以根据实际需要写的更为详细，例如：，接下来在Xshell端输入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回车，进入该文件夹，随后输入“g09

若该值设定不合理，则计算出来的结构并非基态，这一部分内容会在后文中详细介绍，此处仅给出一个简单的判断标准，对于大多数不包含过渡金属的基态分子，例如水、苯、SO42-、常规有机体系等均为闭壳层体系，其自旋多重度为1，模型，该体系中包含的1个O原子和2个H原子，以及这三个原子各自的笛卡尔坐标，对比修改前后的输入文件，可以看到我们删除了第2行中“geom=connectivity”字样和11-13行的内容。

输入文件：文件后缀名通常为，gjf，包含模拟任务的计算资源分配（核数、内存使用情况）、计算方法和精度、任务要求及计算模型等信息，输出文件：文件后缀名通常为，out或，log，除输出作为计算结果的结构模型、轨道、密度矩阵、电荷布局等信息外，还包括了部分计算过程中输出信息，对于大多数含有过渡金属的结构、自由基结构、激发态，如二茂铁、基态氧分子、羟基自由基等，均为开壳层体系，自旋多重度大于1，需做进一步判断。