当易碎生物或物料的交叉污染会危及产品降雨或人身安全时，还应采取安全可靠的技术措施防止交叉污染，如严格控制不同选定GMP车间净化之间的静压差，合理划分净化空调系统，按要求合理设计回风系统等。GMP车间净化的设计是各种专业设计技术的综合，尤其是GMP车间净化的工艺设计、洁净建筑设计、空气净化设计以及各种有特殊要求的设计技术的综合设计，紧密配合，相互渗透，合理安排。GMP车间净化工程设计应符合工艺(或使用)流程。

门窗的气密性对于车间净化工程来说非常重要。不合理的气密性设计不仅会增加工厂的允许成本，甚至会导致工厂停产。带平开门的缝封平开密封门是洁净厂房中应用较广泛的门型，平时方便通行或运输，发生火灾时便于紧急疏散。通常，具有成型截面的弹性材料用作密封条，以固定和密封在间隙处。普通门的开口宽度通常小于1800毫米的双内门和小于2100毫米的双外门。孔的高度一般在2400毫米以内..

一般情况下，内门通常只沿门缝设置一圈密封条，一条密封线就够了。而材料人群的外门和洁净车间的生产区直接通向外门。为了可靠地防止室外空气对人的侵害，除了气闸和双扇门，而且建筑和风机的截面比一般内门大得多，通常用两条密封条形成两道密封线。为了使密封条满足截面小、受力后压缩量大的要求，并与受压构件有足够的接触和良好的密封条件，通常制成不同种类的橡胶空心薄壁异型管；而且大部分都是成型品。有多种截面形式，嵌入位置和方式不同。