高水平消毒能杀灭一切细菌繁殖体包括分枝杆菌、病毒、真菌及其孢子和绝大多数细菌芽孢。达到高水平消毒常用的方法采用含氯制剂等化学消毒剂在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。 在《医疗机构环境表面清洁与消毒管理规范》环境表面常用消毒方法——含氯消毒剂在《医疗机构消毒技术规范》中，针对不同的情况，推荐的含氯消毒剂有效氯浓度有400~700mg/L、1000mg/L、2000~5000mg/L、10000mg/L等。被感染朊病毒患者或疑似感染朊病毒患者高度危险组织污染的低度危险物品、一般物体表面和环境表面应用清洁剂清洗，采用10000mg/L的含氯消毒剂消毒，至少作用15min。

20世纪30年代，甲醛的应用在化学消毒发展史上建立了一个里程碑，因此甲醛被誉为第一代化学灭菌剂。醇类也是发现比较早的一类化学消毒剂，如今我们在医院中与生活中常用的酒精消毒，主要成分就是乙醇。1949年，美国菲利普、史密斯等人研究了多种化合物的杀菌作用，发现了环氧乙烷，并且研究了其灭菌条件及影响因素。环氧乙烷被誉为第二代化学灭菌剂。1954年，戴维斯研制成氯己定（洗必泰），它虽然是一种低效消毒剂，但其消毒效果已被公认。 1962年，美国的派普筛选了醛类化合物，发现了戊二醛一经碱化便有良好的杀芽孢作用。此后，一些学者研究了戊二醛的应用条件，杀菌作用及影响因素。这种消毒剂具有广谱、高效、气味小、低毒、对金属腐蚀小的优点。20世纪70年代以来广泛应用于医学灭菌，被称为冷灭菌剂，并被称为第三代化学灭菌剂。

除多代家用消毒剂外，酒精也常被老百姓用在家庭消毒中。一般而言，酒精的消毒杀菌效果和其浓度关系较大，医用酒精的浓度在75%，可吸收细菌中的水分，使细菌中的蛋白质脱水变性。若酒精浓度过低，虽可侵入细菌，但不能将其体内的蛋白质凝固，同样也不能将细菌杀死。95%的酒精常用来擦拭紫外线灯，浓度在40%-50%的酒精可预防褥疮，而浓度在25-50%的酒精可用于物理退热。虽然效果显著，但酒精也有需要注意的地方。首先是其易燃易挥发特性，近期全国各地都不乏因用酒精消毒又使用明火而引起火灾的案例，因此在使用中需额外小心。其次是酒精对皮肤的影响，长期使用酒精擦拭皮肤消毒，会导致皮肤干燥、粗糙，而如果将其多次用于皮肤娇嫩的幼儿，由于他们的代谢能力弱而皮肤较薄，可能会引起酒精中毒。最后，日常饮用的白酒浓度其实远远低于医用酒精浓度，消毒效果没有酒精好，只能作为退热的辅助用品，且不能过量使用。