生物菌肥最怕杀菌剂,而不少菜农为防蔬菜根部病害常用杀菌剂灌根,这无疑使刚刚在土壤中定居的生物菌遭受灭顶之灾。另外,大量地冲施化肥对土壤中生物菌的伤害也很大。因此,对于施用生物菌肥的大棚地,应尽量避免使用杀菌剂灌根,少施大量元素水溶肥等化学肥料。
化肥中不含有机质、腐殖质,因此大量使用化肥,土壤由于有机质和腐殖质的缺乏,土壤团粒结构遭到破坏,造成土壤板结,农植物产量下降。 化肥利用率低,氮肥因为易挥发、流失,利用率只有30%-50%,磷肥的利用率才10%-25%,因为磷酸根化学活性活泼,施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不仅仅需要氮磷钾,同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素,而化肥一般成分比较单一,所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一,易使作物营养失调,从而导致作物内部转化合成受阻,必然导致作物品质下降,瓜不甜,菜不香。